因為缺乏缺少技術標準與產業標準體系，生物質能源產業化程度和產業規模弱于其他可再生能源，而且市場亂象頻出，一些發電項目借生物質能源的名頭，一邊拿著國家的電價補貼，一邊偷偷燒著煤炭，影響行業健康發展。

生物質能源雖然被國家列為清潔的可再生能源，但是因為行業魚龍混雜，一些生物質燃料并沒有達到清潔能源的標準，并不環保，最終導致整個行業都受牽連。生物質能源到現在還沒有標準化，好端端一個利國利民的產業就這樣發展得烏煙瘴氣。我國是農業大國，生物質資源極其豐富、數量巨大。如果發展得好，在農村，可以避免秸稈露天燃燒；在城鎮，可以替代燃煤。既可以增加農民收入，又可以保護環境，一舉多得。生物質能源和風能、太陽能都是我國大力發展的三大可再生能源。然而，十多年來，風能和太陽能都發展得有聲有色，唯獨生物質能源完不成‘十二五’目標已基本成定局。

相對于其他能源產業，生物質能源的行業門檻相對較低，小公司、作坊式也能生產，使用排放不達標的小鍋爐、摻燒其他不合格燃料等現象時有發生。生物質能源的利用涉及多個傳統產業行業，工藝路線不盡相同，設備水平也是參差不齊，整個行業相關標準規范嚴重缺乏，影響了行業健康發展。

摻燒煤炭是一些生物質直燃電廠業內公開的秘密，白天燒秸稈，晚上偷燒煤，目的是套取國家電價補貼。為了推進生物質成型燃料發展，2008年，財政部印發《秸稈能源化利用補助資金管理暫行辦法》。這一政策實施之后，我國生物質成型燃料產量由2007年的不到100萬噸增至2012年的550萬噸。

生物質發電的概念很好，但扣除財稅補貼、土地優惠、電價政策外，能夠真正實現盈利的企業寥寥無幾。生物燃氣很大程度上依賴于國家的政策支持和補助。與常規能源相比，生物燃氣轉化、處理成本較高，并不具備投資上的效益，如果不能夠實現商品化，必然會因為國家政策的轉移而衰退。

成本高是生物質能源發展困難的一個重要原因：一方面，原材料分散在廣大農村，收集儲運費用貴，人力成本上漲，導致成本居高不下；另一方面，如果用來發電，與火電比，即便有補助，也只能掙扎在盈虧平衡線上。

發電廠需要很大規模才能降低單位成本，才有價格競爭力，但是生物質能源是分布式能源，集中的成本巨大，有可能陷入越生產越虧損的局面。因為兩頭擠壓，不少生物質能源企業放棄了這一方向。“十二五”期間，我國大力鼓勵清潔能源的使用，風能、太陽能新增裝機均有不同程度的增長，但生物質發電新增裝機容量卻不斷走低。在市場方面，生物質資源的季節性、分散性與生物質能利用的連續性、集中性的矛盾突出。在煤炭價格優勢明顯的擠壓之下，市場接受度低。

雖然國內各項政策為生物質能產業的發展給予了一定的財政補貼，但這并無法有效提高生物質能產業的盈利能力，改善其生存狀態。生物質能產業的長遠、健康發展，仍需要從內部入手，依靠科技進步和市場化發展，解決關鍵問題。

我國生物質原料數量雖然巨大，但來源較為分散，與西方農場化耕作模式有較大差別，我國需要建立一套科學合理的收集體系。生物質燃料的原料主要是農林業廢棄物，存在著季節性強，收集運輸困難的問題。農業生產分布在面積廣闊的農田上，農作物收割后秸稈廣泛的分布在農村地區，且秸稈體積大，不便于運輸；樹枝等林業廢棄物絕大部分分布在山區，交通不便，收集工作量大。因此，建立科學穩定收、儲、運體系是保證生物質直燃電廠穩步發展、安全供應的物質基礎。